"Efter att ha mottagit dokumentation från Centro Hospitalar Universitário do Algarve (CHUA) i samband med ärendet har åklagarmyndigheten beordrat att en utredning ska inledas", säger en källa från åklagarmyndigheten till Lusa.
Enligt ett pressmeddelande från CHUA:s styrelse skedde utbytet i samband med identifieringen av två patienter som dog på Hospital de Faro den 3 november.
Enligt sjukhuset - som omfattar enheterna i Faro, Portimão och Lagos - ledde situationen till att en av kropparna felaktigt hämtades av begravningsbyrån och senare kremerades.
Efter denna händelse inledde CHUA:s styrelse en intern utredning och "ställde sina positioner till förfogande", enligt samma meddelande.
Fallet ledde också till att den reglerande hälsovårdsenheten (ERS) inledde en utvärderingsprocess av de omständigheter under vilka utbytet av kroppar ägde rum.
CHUA-administrationen försäkrade att förfarandet för att bekräfta och verifiera identiteten på de avlidna på sjukhuset "följer flera säkerhetsnormer som är väldefinierade inom institutionen, med utredningen som syftar till att fastställa de fakta som ledde till felet och genomföra de förändringar som förefaller vara så nödvändiga".
Sjukhusets ledning sade att man kontaktat familjerna, "beklagar djupt vad som hänt och har gett dem allt nödvändigt psykologiskt stöd".