"Vi måste betala kostnaderna. Finns det handlingar som inte bestraffades och de ansvariga inte arresterades? Finns det varor som plundrades och som inte återlämnades? Låt oss se hur vi kan reparera detta", sade Marcelo Rebelo de Sousa.
Republikens president talade under en middag med utländska korrespondenter i Portugal.
Vid evenemanget sade Rebelo de Sousa att Portugal "tar fullt ansvar" för misstagen i det förflutna och minns att dessa brott, inklusive koloniala massakrer, hade kostnader.
För ett år sedan, under välkomstsessionen för Brasiliens president Lula da Silva, som föregick den högtidliga sessionen till minne av 49-årsdagen av den 25 april i republikens församling, hävdade Marcelo Rebelo de Sousa att Portugal var skyldigt att be om ursäkt, men framför allt måste ta fullt ansvar för exploatering och slaveri under kolonialtiden.
"Det handlar inte bara om att be om ursäkt - vederbörligen, utan tvekan - för vad vi gjorde, för att be om ursäkt är ibland det enklaste att göra, man ber om ursäkt, vänder ryggen till och jobbet är gjort. Nej, det handlar om att ta ansvar för framtiden för vad vi gjorde, bra och dåligt, i det förflutna", försvarade han sig.
Under mer än fyra århundraden kidnappades minst 12,5 miljoner afrikaner, tvångstransporterades långa sträckor av främst europeiska fartyg och handelsmän och såldes som slavar.