Distrikten Viseu, Évora, Guarda, Castelo Branco och Portalegre kommer att omfattas av en gul varning mellan kl. 12.00 idag och midnatt på fredag.
Den gula varningen för Faro och Beja gäller mellan kl. 12.00 idag och kl. 12.00 på fredag.
IPMA utfärdade också en gul varning på grund av regnet, som ibland kan vara kraftigt, för Azorernas skärgård.
På öarna Flores och Corvo, som utgör den västra gruppen av ögruppen, gäller den gula varningen för "tidvis kraftig nederbörd, som kan åtföljas av åskväder", mellan kl. 15.00 lokal tid (kl. 16.00 i Lissabon) idag och kl. 12.00 på fredag.
För den centrala gruppen (öarna Faial, Pico, São Jorge, Graciosa och Terceira) gäller samma varning från kl. 21.00 idag till kl. 12.00 på fredag.
På öarna São Miguel och Santa Maria, som utgör den östra azoriska gruppen, gäller den gula varningen för "ibland kraftig" nederbörd mellan kl. 03.00 på fredag och kl. 00.00 på lördag.