Förlusten med 21-17 i Coimbra fick inga konsekvenser för det portugisiska laget, som ligger kvar på 68,82 poäng, men gjorde att USA kunde notera veckans största uppgång, tre placeringar, till 16:e plats (67,49), strax bakom portugiserna.
Rankingen leds nu av Sydafrika (92,46), som slog Skottland 32-15, i Edinburgh, och utnyttjade Irlands nederlag mot Nya Zeeland, 23-13, för att flytta upp till första plats.
Till följd av bakslaget i Dublin föll Irland, den tidigare ledaren av tabellen, till tredje plats, bakom All Blacks.
Trots nederlaget mot världsmästarna klättrade Skottland, som tar emot Portugal på Murrayfield på lördag, en placering i rankingen, till sjätte plats (82,70).
Skottarna drog nytta av förlusten mot England, som föll två placeringar till sjunde plats efter att ha förlorat 42-37 hemma mot Australien.
World Rugby World Ranking leds nu av Sydafrika (92,46), följt av Nya Zeeland (91,21) och Irland (90,58).