Demonstranter samlades med svarta flaggor, vid avtäckningen av statyn i Calangute, för att visa sin ilska över valet av en portugisisk spelare med tanke på de två ländernas koloniala förflutna.
Enligt AFP sade Micky Fernandes, en före detta indisk landslagsspelare från Goa, att valet var "sårande" och en "baksida" från det portugisiska styret.
"Ronaldo är världens bästa spelare, men vi borde ändå ha en staty av en fotbollsspelare från Goa", sade Fernandes till AFP.
Michael Lobo, en lokal minister i Indiens regerande Bharatiya Janata Party, sade till AFP att syftet var att inspirera unga människor att utmärka sig, inte bara i landet utan även internationellt.
"Alla pojkar och flickor som vill göra fotbollskarriär kommer att inspireras av personer som Cristiano Ronaldo", sade Lobo.
"Om du fullföljer din dröm och du brinner för den kan du nå ett högre mål. Detta är vad vi har skrivit på plaketten."
Ronaldo är inte främmande för kontroverser om bilder av honom själv, och den mest allmänt kända incidenten involverade avtäckningen av en originalskulptur på Madeiras flygplats som förlöjligades på grund av att den inte såg mycket ut som sitt motiv.