Enligt Ana Aeroportos webbplats hade sex flygningar som skulle avgå från Humberto Delgado Airport ställts in fram till kl. 13.00.
Fler inställda flygningar väntas under eftermiddagen och de allra flesta flygningar är TAP-flygningar.
När det gäller ankomsterna finns det minst 21 inställda flygningar.
ANA Aeroportos, som CNN Portugal kontaktade, sade att man undersökte omständigheterna kring problemet.
I slutet av dagen väntas närmare 40 inställda flygningar.