Det handlade om klagomålet mot det portugisiska rättssystemet för att ha frikänt Gonçalo Amaral från skyldigheten att kompensera föräldrarna till den brittiska flickan - som försvann i Lagos i maj 2007 - efter anklagelser som den tidigare inspektören vid rättspolisen gjort i en bok och i ett tv-program.
Paret stämde först Amaral för förtal och 2015 dömde den portugisiska domstolen till deras fördel, men detta upphävdes två år senare av den portugisiska domstolen.
Kate och Gerry McCann hade lämnat in ett klagomål mot Portugal angående detta men Europadomstolen förstod att det inte fanns någon kränkning av rätten till privatliv.
För Kate och Gerry McCann utgjorde orden från ledaren för utredningen av deras barns försvinnande, som då var tre år gammal, en kränkning av deras rätt till respekt för privatlivet och rätten till oskuldspresumtion.
McCannparet har nu tre månader på sig att överklaga beslutet.