"Vad vi vet är att han föll i slutet av den andra etappen och inte överlevde sina skador", säger Manuel Marinheiro, ordförande för FMP, till Lusa.
Olyckan inträffade tre kilometer från slutet av etappen mellan Bousaid och Tagounite i Marocko.
Armindo Neves är född i Avis (Portalegre), men bodde i Santiago do Cacém (Setúbal).
Africa Eco Race har 12 etapper och avslutas den 30 oktober vid Lago Rosa i Dakar.
Armindo Neves är den andra portugisiska föraren som dör i en terrängkörning, efter Paulo Gonçalves som dog efter ett fall under den sjunde etappen av Dakarrallyt 2020.