Varningen baseras på väderprognoser från det portugisiska institutet för hav och atmosfär (IPMA), som visar att man under de närmaste timmarna "förväntar sig perioder med regn eller lätta skurar som ökar i intensitet och frekvens i den södra regionen från och med eftermiddagen".
För måndag är prognoserna "perioder med regn eller skurar, mer frekventa och intensiva i den södra regionen, med möjlighet till åska".
"Förutsättningarna för mer intensiv nederbörd framhävs, med en ackumulering på mellan 10 och 20 mm/1 timme, med den mest kritiska perioden mellan 00.00 och 15.00 den 5 december i distrikten Faro och Beja, samt möjlighet till extrema vindfenomen", varnar räddningstjänsten.
Civilskyddet rekommenderar att man rensar dräneringssystem, säkrar lösa konstruktioner och ägnar särskild uppmärksamhet åt områden med träd på grund av risken för fallande och brytande grenar.