Varningen, som anger en meteorologisk situation med måttlig till hög risk, kommer att gälla i distrikten Viana do Castelo, Braga och Porto från kl. 21.00 i dag till kl. 09.00 i morgon tisdag.
Alla andra distrikt på fastlandet, med undantag av Beja och Faro, har en gul varning på grund av regn och i vissa fall även på grund av sjöfartsoro.
På tisdag kommer dock 12 distrikt att omfattas av en orange varning på grund av nederbörd - däribland Viana do Castelo, Braga och Porto, där varningen gäller fram till kl. 06.00.
Vila Real kommer att omfattas av en orange varning mellan 00.00 och 06.00 och i Viseu, Aveiro, Leiria, Coimbra, Castelo Branco, Santarém, Lissabon och Setúbal kommer varningen att gälla mellan 00.00 och 09.00.