Varningen i distrikten Porto, Faro, Setúbal, Viana do Castelo, Lissabon, Leiria, Beja, Aveiro, Coimbra och Braga kommer att gälla mellan kl. 09.00 på fredag och 06.00 på lördag på grund av den oroliga sjöfarten, med vågor på upp till 4-5 meter som väntas.
Den gula varningen för norra kusten på Madeira och Porto Santo kommer att gälla mellan kl. 12.00 på fredag och kl. 00.00 på lördag.
Det portugisiska institutet för havet och atmosfären (IPMA) har också placerat öarna i den västra (Flores och Corvo) och centrala (Terceira, Pico, São Jorge, Graciosa och Faial) gruppen av Azorerna under gul varning fram till klockan 15.00 i dag på grund av havsturbulensen.
På grund av oron till sjöss varnade marinen och den nationella sjöfartsmyndigheten (AMN) i onsdags för försämrade väderförhållanden från 18.00 i dag och 18.00 på lördag.
I ett uttalande säger marinen och AMN att havet kommer att kännetecknas av svallvågor i den nordvästra kvadranten, med en signifikant höjd som kan uppgå till sju meter och en maximal höjd på 13 meter.
Vindar från den sydvästra kvadranten väntas med en genomsnittlig intensitet på upp till 55 kilometer i timmen och vindbyar på upp till 100 kilometer i timmen.