Nyheten delades av nättidningen 7Margens, som hade bett "en tjänsteman i Vatikanen" att köpa ett av frimärkena.
"På det officiella postkontoret i Praça de São Pedro sa den anställde som svarade att det var omöjligt att göra försäljningen, eftersom den skulle dras tillbaka", tillägger tidningen.
Nyheten om att frimärket dragits tillbaka bekräftades av Radio Renascença.
I måndags presenterade Vatikanen ett frimärke till minne av Världsungdomsdagen (WYD) Lissabon 2023, inspirerat av Padrão dos Descobrimentos, med en bild av påven Franciskus i stället för Infante D. Henrique och med ungdomar i stället för navigatörer.
Efter offentliggörandet av frimärkets bild publicerades flera negativa kommentarer på sociala nätverk, som hänvisade till den grafiska föreställningen från Estado Novos nationella propagandasekretariat och kolonialismen.
Designen av frimärket, som släpptes tillsammans med ett minnesfrimärke med WYD-logotypen, har utformats av Stefano Morri.
"Precis som styrmannen D. Henrique leder besättningen när den upptäcker den nya världen, så leder påven Franciskus ungdomen och kyrkan under Vatikanens sigill", förklaras det i en not som publicerats på Vatikanens nyhetswebbplats Vatican News.
"Dålig smak"
Den portugisiska biskopen Carlos Moreira Azevedo, delegat för den påvliga kommittén för historiska vetenskaper, som på tisdagen tillfrågades av nyhetsbyrån Lusa om den kontrovers som uppstått, ansåg att bilden på det frimärke som Vatikanen släppt till minne av världsmötet är av "mycket dålig smak".
Carlos Azevedo, som arbetar vid Vatikanen, anser att frimärket "bygger på ett mycket välkänt verk" och "på ett episkt sätt framkallar en pastoral verklighet som inte motsvarar den andan".
På tisdagen klargjorde organisationen för Världsungdomsdagen att det minnesfrimärke som Vatikanen presenterade endast syftade till att "främja" ungdomars möte med påven och att ta bort läsningar som identifierade honom med Estado Novo eller den portugisiska kolonialismen.
Rosa Pedroso Lima, talesperson för stiftelsen WYD Lisbon 2023, sade till agenturen Lusa att "frimärket gjordes av en italiensk illustratör, Stefano Morri, som många gånger har arbetat med Vatikanens numismatiska tjänster" och vars läsning för illustrationen av frimärket är "en bild av påven på ett monument i Lissabon, som symboliserar, i en slags allegori, S:t Petrus' båt och påven som leder ungdomar och kyrkan in i en ny era", förklarade stiftelsens talesperson.
Rosa Pedroso Lima anser att "det alltid kommer att finnas flera tolkningar av vad som finns i ett konstverk, vare sig det är ett frimärke eller en illustration. Detta är den läsning som Vatikanen gör och syftet är att främja Världsungdomsdagen".
Byrån Lusa har redan frågat Vatikanens post- och filatelisttjänster för att få information om återkallandet av frimärket, men utan att få något svar.