Polytekniska institut har cirka 6 600 lediga platser medan universitet har gjort cirka 3 300 lediga platser tillgängliga, enligt Lusa.
De flesta kurser med de högsta inträdesgenomsnitten öppnar lediga platser igen i denna andra fas, men i många fall finns det bara en eller två platser.
Kursen med det högsta intagningsbetyget i den första fasen - Aerospace Engineering vid University of Minho - öppnade dock inte några platser i den andra fasen, utan stannade kvar hos den sista studenten med ett genomsnitt på 18,86 värden (på en skala från noll till 20).
Men det finns alternativ för dem som vill studera flyg- och rymdteknik: Instituto Superior Técnico i Lissabon, den andra kursen med högst betyg (18,68), har nu två lediga platser; och kursen vid Aveiro University öppnade en ledig plats.
Det finns också flera kurser i medicin som har lediga platser öppna igen: Universitetet i Coimbra och universitetet i Beira Interior har båda tre lediga platser; universitetet i Minho har två lediga platser och universiteten i Porto och Lissabon har gjort en ledig plats tillgänglig.
De cirka 10 000 lediga platser som finns i den andra fasen är i huvudsak summan av de 5 212 lediga platser som återstod från den första fasen av CNAES och de platser som hade upptagits i den första fasen men som studenterna inte registrerade sig för.
Av de 1 119 högskolekurser som var tillgängliga i den första fasen av CNAES hade endast 305 kurser lediga platser.
Ansökan för den andra fasen av CNAES slutar på tisdag och resultaten kommer att vara kända den 17 september, med en tredje fas, som slutar i slutet av månaden.
I den första fasen placerades nästan 50 000 studenter, ett antal som var något lägre än förra året, men som innebar att 84% av kandidaterna antogs: Av de 59 073 kandidaterna placerades 49 438.
Mer än hälften av de sökande (56%) lyckades välja sitt första alternativ, och nio av tio (87%) valde ett av sina tre första alternativ.