Den orange varningen, som kommer att gälla i Setúbal, Lissabon och Leiria mellan 09:00 och 15:00 på onsdag, beror på "sydvästliga vågor på 5 till 5,5 meter, med en maximal höjd på 10 meter", säger IPMA, i ett uttalande.
Sydkusten och bergsområdena på Madeira är under en orange varning för nederbörd (mellan 01:04 och 15:00 idag) och för vind (från 06:00 till 12:00 idag).
Madeiras sydkust är fortfarande under en orange varning för havsstörningar mellan 09:00 och 15:00 idag.