Varningen utfärdades för distrikten Vila Real, Bragança, Viseu, Guarda och Castelo Branco mellan kl. 12.00 och 21.00 idag, där "skurar, ibland kraftiga och åtföljda av åskväder", väntas.
IPMA anger också att åskvädren som väntas i de fem distrikten under eftermiddagen och tidig kväll idag förväntas vara "frekventa och spridda".
Den gula varningen, som är den minst allvarliga på en tregradig skala, utfärdas av IPMA när det finns en risksituation för vissa aktiviteter beroende på den meteorologiska situationen.
För resten av landet pekar IPMA på "mycket molnighet fram till slutet av morgonen med perioder av lätt regn eller duggregn på vissa platser", svag vind och en liten ökning av den maximala temperaturen i den norra regionen.
För Lissabon- och Porto-regionerna är prognosen i allmänhet mycket molnig, med öppen himmel från eftermiddagen och framåt och möjlighet till perioder med lätt regn eller duggregn.