I ett tal till Lusa sade en källa från Algarve Regional Emergency and Civil Protection Command att offret korsade linjen till fots när han träffades av tåget, i Marim-området, kommunen Olhão.
Klockan 8:30 var 18 medlemmar av brandmännen, INEM, GNR och Infrastructures of Portugal på plats, med stöd av sju fordon.
Algarvelinjen förbinder järnvägsstationerna i Vila Real de Santo António med Lagos.