Cort, de 30 años, completó los 203,1 kilómetros entre Faro y Tavira en 05:05.14 horas, superando al italiano Filippo Ganna (INEOS), segundo, y al belga Jordi Meeus (BORA-hansgrohe), tercero, con Rui Oliveira (UAE Emirates) sexto y Rui Costa (Intermarché-Wanty-Circus) séptimo.
En la general, el danés tiene ahora una ventaja de 18 segundos sobre Rui Costa, que es segundo, y de 20 segundos sobre el belga Ilan Van Wilder (Soudal-QuickStep), tercero.
El sábado, la cuarta y penúltima etapa de la 49ª edición une Albufeira con la cima de Malhão en 177,9 kilómetros, antes de la decisiva contrarreloj del domingo en Lagoa.