Cort, 30 ans, a terminé les 203,1 kilomètres entre Faro et Tavira en 05:05.14 heures, devançant l'Italien Filippo Ganna (INEOS), deuxième, et le Belge Jordi Meeus (BORA-hansgrohe), troisième, avec Rui Oliveira (UAE Emirates), sixième et Rui Costa (Intermarché-Wanty-Circus), septième.
Au total, le Danois possède désormais 18 secondes d'avance sur Rui Costa, deuxième, et 20 secondes sur le Belge Ilan Van Wilder (Soudal-QuickStep), troisième.
Samedi, la quatrième et avant-dernière étape de la 49e édition relie Albufeira au sommet de Malhão en 177,9 kilomètres, avant le contre-la-montre décisif de dimanche à Lagoa.