Après avoir passé près de dix ans à Kanara, il est retourné à Goa et, en 1686, il y a fondé un Oratoire de Saint Philippe Neri avec un groupe d'autres prêtres, recevant les conseils et l'aide des maisons d'Oratoriens qui se trouvaient alors au Portugal. Un an plus tard seulement, en 1687, il se sent appelé à quitter Goa et à partir comme missionnaire dans l'île de Ceylan, aujourd'hui Sri Lanka.

Il est resté sur cette île pendant vingt-quatre ans, exerçant son ministère sacerdotal dans des circonstances très restrictives. Il a été rigoureusement poursuivi et persécuté par les autorités calvinistes hollandaises oppressives qui voulaient mettre fin aux efforts qu'il déployait seul et avec succès pour reconstruire l'Église et maintenir le catholicisme en vie à Ceylan. Il devait voyager partout en étant déguisé et était obligé de célébrer les sacrements secrètement la nuit.

Le père Vaz a décidé d'établir sa base dans le royaume de Kandy, à l'intérieur de l'île. À son arrivée, il fut arrêté comme espion et mis en prison. Il fut libéré après avoir prié et obtenu ce qui fut considéré par tous comme une chute de pluie miraculeuse, mettant fin à une sécheresse prolongée. Après cela, le roi bouddhiste de Kandy lui a accordé sa protection personnelle.

En 1696, plusieurs Pères de l'Oratoire de Goa le rejoignirent à Ceylan et une mission dûment constituée y fut établie. Le P. Vaz refusa le poste de Vicaire Apostolique, préférant rester un simple prêtre missionnaire. Parmi ses autres activités pastorales, il a traduit un catéchisme et des prières dans les langues locales, le singalais et le tamoul. Les gens l'appelaient "Sammanasu Swam", le prêtre angélique.

Au début de l'année 1711, il sait qu'il va mourir. Le 16 janvier, il a reçu les derniers sacrements avec les membres de son troupeau réunis autour de son lit. Il leur dit : "Vivez toujours selon l'inspiration de Dieu. Il est mort à minuit. Il avait soixante ans.

Malheureusement, l'endroit exact où se trouve sa dépouille est incertain.

Il a été béatifié au Sri Lanka par le pape Jean-Paul II le 21 juin 1995, et y a été canonisé par le pape François le mercredi 14 janvier 2015.

Sa fête est célébrée le 16 janvier.