Nach fast zehn Jahren in Kanara kehrte er nach Goa zurück und gründete dort 1686 mit einer Gruppe anderer Priester ein Oratorium des Heiligen Philipp Neri, wobei er Rat und Hilfe von den damaligen Oratorianerhäusern in Portugal erhielt. Nur ein Jahr später, 1687, fühlte er sich berufen, Goa zu verlassen und als Missionar auf die Insel Ceylon, heute Sri Lanka, zu gehen.

Er blieb vierundzwanzig Jahre lang auf dieser Insel und übte sein priesterliches Amt unter sehr restriktiven Bedingungen aus. Er wurde von den repressiven niederländischen calvinistischen Behörden rigoros verfolgt, die seinen einhändigen, aber erfolgreichen Bemühungen um den Wiederaufbau der Kirche und die Aufrechterhaltung des Katholizismus in Ceylon ein Ende setzen wollten. Er musste überall verkleidet reisen und war gezwungen, die Sakramente heimlich bei Nacht zu spenden.

Pater Vaz beschloss, sich im Königreich Kandy im Inneren der Insel niederzulassen. Bei seiner Ankunft dort wurde er als Spion verhaftet und ins Gefängnis gesteckt. Er wurde freigelassen, nachdem er für einen wundersamen Regen gebetet hatte, der eine lange Dürre beendete und von allen als solcher angesehen wurde. Daraufhin stellte ihn der buddhistische König von Kandy unter seinen persönlichen Schutz.

Im Jahr 1696 schlossen sich ihm mehrere Patres des Oratoriums von Goa in Ceylon an, und es wurde dort eine ordnungsgemäß eingerichtete Mission gegründet. Pater Vaz lehnte das Amt des Apostolischen Vikars ab und zog es vor, ein einfacher Missionspriester zu bleiben. Neben seiner anderen seelsorgerischen Arbeit übersetzte er einen Katechismus und Gebete in die lokalen Sprachen Singalese und Tamil. Die Menschen nannten ihn 'Sammanasu Swam' - den Engelspriester.

Zu Beginn des Jahres 1711 wusste er, dass er sterben würde. Am 16. Januar empfing er die Letzte Ölung, während die Mitglieder seiner Gemeinde um sein Bett versammelt waren. Er sagte ihnen: "Lebt immer nach Gottes Eingebung. Er starb um Mitternacht. Er war sechzig Jahre alt.

Leider ist der genaue Verbleib seiner sterblichen Überreste ungewiss.

Er wurde am 21. Juni 1995 von Papst Johannes Paul II. in Sri Lanka seliggesprochen und am Mittwoch, den 14. Januar 2015, von Papst Franziskus heiliggesprochen.

Sein Festtag wird am 16. Januar begangen.