לפני שמונה למזכיר המדינה ביולי 2021, חואן פרננדס טריגו היה ראש משלחת בשגרירות ספרד בוונצואלה כאשר הייצוג נותר ללא שגריר, מכיוון שממשלת מדריד לא הכירה בלגיטימיות של משטרו של ניקולאס מדורו.
לאורך הקריירה הדיפלומטית שלו היה שגריר ספרד בהאיטי, פרגוואי, קובה ושגריר ראשי של משלחת האיחוד האירופי באורוגוואי.
משנת 2017 עד 2018 היה חואן פרננדז טריגו חבר מייעץ במשרד לענייני חוץ ושיתוף פעולה, ורכז יישום סעיף 155 בחוקה הספרדית.