Avant d'être nommé secrétaire d'État en juillet 2021, Juan Fernández Trigo était chef de mission à l'ambassade d'Espagne au Venezuela lorsque la représentation s'est retrouvée sans ambassadeur, le gouvernement de Madrid ne reconnaissant pas la légitimité du régime de Nicolás Maduro.

Tout au long de sa carrière diplomatique, il a été ambassadeur d'Espagne en Haïti, au Paraguay, à Cuba et ambassadeur en chef de la délégation de l'Union européenne en Uruguay.

De 2017 à 2018, Juan Fernández Trigo a été membre consultatif du Bureau des affaires étrangères et de la coopération, et coordinateur de l'application de l'article 155 de la Constitution espagnole.