Antes de ser nombrado secretario de Estado en julio de 2021, Juan Fernández Trigo fue jefe de misión de la Embajada de España en Venezuela cuando la representación se quedó sin embajador, al no reconocer el Gobierno de Madrid la legitimidad del régimen de Nicolás Maduro.

A lo largo de su carrera diplomática, fue embajador de España en Haití, Paraguay, Cuba y embajador jefe de la Delegación de la Unión Europea en Uruguay.

Entre 2017 y 2018, Juan Fernández Trigo fue vocal asesor de la Oficina de Asuntos Exteriores y de Cooperación, y coordinador de la aplicación del artículo 155 de la Constitución Española.