I ett uttalande säger IPMA att jordbävningen hade sitt epicentrum cirka 35 kilometer söder om Funchal och registrerades klockan 4:32 i dag (16 februari) vid stationerna i det seismiska nätverket på fastlandet.
Jordbävningen kändes med maximal intensitet V (modifierad Mercalli-skala) i kommunen Câmara de Lobos.
Det kändes också i mindre omfattning i kommunerna Funchal, Machico, Ribeira Brava och Santa Cruz på Madeira.
IPMA hade tidigare rapporterat att jordbävningen hade en magnitud på 5,2 på Richterskalan, men har sedan dess uppdaterat detta till 5,0.
Funchals stadsfullmäktige sade i ett uttalande som släpptes klockan 5.33 att inga händelser med anknytning till skalvet hade registrerats.
Enligt IPMA innebär intensiteten V på den modifierade Mercalli-skalan att skakningen "känns utanför huset, människor vaknar, små föremål i instabil jämvikt rör sig eller välts omkull, dörrar svänger, stängs eller öppnas, fönsterluckor och ramar rör sig och klockpendlar stannar eller startar eller ändrar sitt svängningstillstånd".