"En ökning av infektionsfallen innebär att det kan bli fler sjukhusvistelser och fler dödsfall under de kommande veckorna", sade Tedros Adhanom Ghebreyesus vid en presskonferens i Genève.
WHO-tjänstemannen uppskattade att de flesta aktuella infektioner har sitt ursprung i olika länder i BA.5-linjen av Ómicron-varianten, som hittills är "den mest smittsamma kända" sedan pandemins början 2020.
Enligt de senaste uppgifterna från det nationella hälsoinstitutet Doctor Ricardo Jorge (INSA), som offentliggjordes på tisdagen, var BA.5-linjen ansvarig för cirka 95 procent av infektionerna under veckan mellan den 4 och 10 juli.
BA.5 har varit den dominerande stammen i Portugal sedan maj och var enligt experter en av orsakerna till den senaste sjätte infektionsvågen som ägde rum i landet.
Portugal som exempel
I måndags använde Europeiska centrumet för förebyggande och kontroll av sjukdomar (ECDC) exemplet Portugal för att förutsäga att andra europeiska länder kan få se en ökning av fall av covid-19 på grund av BA.4- och BA.5-stammarna.
"Det förväntas att förekomsten av BA.4 och BA.5 i andra länder i Europeiska unionen och Europeiska ekonomiska samarbetsområdet (EU/EES) kommer att leda till en ökning av fall av Covid-19, vilket observerats i Portugal under de senaste månaderna".
Enligt Tedros Adhanom Ghebreyesus kommer det coronavirus som orsakar Covid-19 "att fortsätta att utvecklas", vilket tvingar länderna att inte slappna av i sin reaktion på pandemin.
"Vissa länder har redan avvecklat delar av sin responsplan och tar stora risker", varnade WHO:s generaldirektör, för vilken nya infektionsvågor väntas, och det är nödvändigt att förhindra att de leder till en ökning av antalet sjukhusinläggningar och dödsfall.