I ett uttalande bekräftar PSP:s distriktskommando i Braga att man hade fått in klagomål om "cirka 100 personer" som "orsakade störningar", inklusive "kastade möbler från terrasser och ljussignaler" runt 22.30 på tisdagen.
PSP säger att fansen sedan lämnade Guimarães i fem bussar på väg till Porto.
"Efter att alla säkerhetsvillkor var uppfyllda" närmade sig PSP bussarna och identifierade 122 kroatiska medborgare, 23 portugiser och nio supportrar av andra nationaliteter".
PSP betonade också att "hittills har inga betydande skador rapporterats, inga skadade eller brottsanmälningar har gjorts".
Videor som lagts ut på sociala medier visar hur man kastar facklor på gatan Alfredo Guimarães, mellan Praça da Oliveira och Museu de Alberto Sampaio, med ljudet av glas som krossas. På fotografier som också publicerats kan man se skadade esplanader.
Efter förlusten i den första omgången med 3-1 i Kroatien tar Vitória de Guimarães emot Hajduk Split i dag, för returmatchen i den tredje kvalomgången i Europa League, som spelas klockan 17.00 på Estádio D. Afonso Henriques i Guimarães.