Enligt en källa från distriktscentret för hjälpinsatser (CDOS) i Faro fick den 43-årige mannen brännskador och hans tillstånd anses allvarligt.
Branden bröt ut omkring klockan 11.00 i en fabrik för restaurering och reparation av båtar i industriområdet Bom João, nära stadens centrum, och förklarades vara släckt klockan 11.20.
Enligt CDOS är "orsakerna till branden okända" i det utrymme där "lättantändliga" material används.