Samma CDOS-källa i Faro uppger att mannen blev påkörd av ett regionalt tåg nära staden Chalé das Canas i Faro.
"Linjen avbröts runt 9:10 på morgonen. Det finns fortfarande ingen prognos för återupptagande av cirkulationen eftersom kroppen ännu inte har avlägsnats", sade samma källa.
Larmet om järnvägsolyckan kom klockan 07:30.