"Europeiska unionen vill vara mästare i klimatförändringar, men den måste ta hänsyn till att det finns yttersta randområden och att dessa yttersta randområden måste ha ett fullständigt undantag för flygtransporter", sade Miguel Albuquerque.
Ordföranden för den regionala regeringen (PSD/CDS-PP) talade vid sidan av ett besök på Casa Museu Frederico de Freitas i Funchal, där han kommenterade de uttalanden som Michael O'Leary gjorde vid en virtuell presskonferens i onsdags.
"Förutom överdrivna avgifter finns ett annat hot mot turismens tillväxt i Portugal i form av ETS-avgifter [systemet för handel med utsläppsrätter], som orättvist riktar sig till kortdistansflygningar, och där det nyligen har föreslagits att Europeiska unionens yttersta randområden ska inkluderas, inklusive Madeira, redan 2024", påpekade Michael O'Leary.
För ledaren för det irländska flygbolaget Ryanair innebär detta att om åtgärden godkänns kommer "turisterna att få betala högre kostnader när de besöker Madeira, i förhållande till andra icke-europeiska semesterdestinationer, vilket innebär att ön troligen kommer att förlora besökare till destinationer utanför EU, som Marocko, Turkiet och Jordanien, som är befriade från att betala ETS".
"Jag är solidarisk med honom. Det som händer i Europeiska unionen är en skam", förklarade Miguel Albuquerque.
Chefen för Madeiras verkställande organ försvarade ett "fullständigt undantag" när det gäller miljöavgifter för flygtransporter till EU:s yttersta randområden, nämligen Madeira, Azorerna och Kanarieöarna.
"Det är grundläggande att flygresor inte straffas, eftersom vi äventyrar en grundläggande industri för utvecklingen av dessa regioner, nämligen turistindustrin", sade han och uppgav att han tänker skicka ett brev till presidenten för Kanarieöarna för att varna honom för situationen.
"Från och med det ögonblick då de yttersta randområdena bestraffas finns det rörelser för att ifrågasätta den europeiska integrationspolitiken. Jag tror inte att detta är vad Europeiska unionen vill", varnade han.