CP-arbetarna inledde fler strejker på måndagen, och transportföretaget varnade för "allvarliga störningar" fram till idag, i en protest mot det dödläge i löneförhandlingarna som även Infraestruturas de Portugal (IP) är inblandat i.
Enligt CP genomfördes 106 av de 251 planerade tågen mellan kl. 00.00 och 08.00 och 145 ställdes in (57,8 %).
CP - Comboios de Portugal uppger att 72 regionala och interregionala tåg var schemalagda, varav 39 ställdes in och 33 genomfördes.
När det gäller de urbana tågen i Lissabon var 115 planerade, 76 inställda och 39 genomförda.
Enligt företaget var 52 tåg planerade i tätorterna i Porto för den perioden, 29 genomfördes och 23 ställdes in.
När det gäller fjärrtrafiken var 12 planerade, sju inställda och fem genomförda.
CP hade redan i fredags varnat för "allvarliga störningar" i tågtrafiken mellan kl. 00.00 på måndag och 23.59 i dag på grund av strejken, med minimalt antal tjänster för de fyra dagarna (25 %).
Det handlar om det "dödläge" som råder i löneförhandlingarna med IP:s och CP:s ledning, säger fackföreningarna i ett uttalande.