Uppehållstillstånd hanteras för närvarande av utlännings- och gränstjänsten(SEF) och det kan ta flera år för en invandrare att reglera sin situation i Portugal.
Under tiden kan utlänningar arbeta och göra rabatter, men kan till exempel inte lämna landet eftersom de befinner sig i en oregelbunden situation.
"Jag gör redan rabatter för Portugal, jag betalar redan skatt som portugiserna, jag vill bara ha ett visum", klagar Marielle Santos, en brasiliansk medborgare som har väntat i två år på att processen ska slutföras.
"Jag är två månader från att vara berättigad till (arbetslöshets)ersättning, men min chef säger att han ska sälja kaféet. Vad kommer att hända med mig?".
Portugal har "nästan 300 000 pågående ärenden hos SEF" och med den nya AIMA fruktar Alam Kazoi, ledare för Bangladesh Community Association of Porto, en ökning av byråkratin och problemen, eftersom den rättsliga undersökningen kommer att ligga i händerna på polisen, eftersom den nya byrån inte har denna behörighet.
Därför kommer "en del av processen att ligga hos byrån och en annan del hos polisen och detta kommer att bli ännu mer komplicerat och mer byråkratiskt", varnar den ansvariga personen, som uppskattar antalet bangladeshiska medborgare i Portugal till 50 000, med många som fortfarande väntar på visum.
"Immigration är öppen och varje dag kommer hundratals invandrare in, de registrerar sig och systemet kan inte svara", sade han och betonade att väntelistorna är mycket långa och "på den svarta marknaden säljs de för 100 eller 150 euro för mötesplatser" vid SEF.
Ingen information
Amadou Diallo, ledare för Association to Support Immigrants and Refugees in Portugal (APIRP), anser att bristen på information till partner har präglat skapandet av den nya byrån.
"Jag kan inte kommentera eftersom jag är dåligt informerad", säger ledaren, som har en plats i migrationsrådet och inte vet hur det nya organet, som ska börja den 29 oktober, kommer att fungera.
"Vi har redan kritiserat SEF många gånger" för förseningarna, som fortsätter, och "saker och ting rör sig inte, eftersom jag tror att problemet inte är namnet [på institutionen], utan snarare bristen på mänskliga resurser", säger direktören.
SEF:s utplåningsprocess är planerad till den 29 oktober och säkerhetstjänstens befogenheter kommer att överföras till sju organisationer.
AIMA, som leds av Luís Goes Pinheiro, kommer att efterträda SEF i dess funktioner i administrativa frågor som rör utländska medborgare och Högkommissariatet för migration (ACM) i frågor som rör mottagande och integration av invandrare i Portugal.
Denna uppdelning av SEF "kommer att bli kaos", varnar Alam Kazoi, som kritiserar det faktum att den nu nedlagda organisationen inte har löst de pågående fallen: "Detta skulle bara vara vettigt om det skulle börja från noll, nu börjar de för mindre än noll "...