De mer än 40 kommuner som löper störst risk tillhör distrikten Faro, Santarém, Portalegre, Castelo Branco, Guarda, Viseu, Vila Real och Bragança, enligt det portugisiska institutet för hav och atmosfär (IPMA).
Den orangea varningen för åskväder är aktiverad för alla distrikt i söder, inklusive Lissabon, med de återstående distrikten under en gul varning.
Hela fastlandet står också inför en gul varning för nederbörd.
Det finns också en gul varning på grund av värmen i distrikten Bragança, Évora, Guarda, Vila Real, Setúbal, Santarém, Beja, Castelo Branco och Portalegre.
Castelo Branco, med 40 grader, kommer att vara det distrikt där temperaturerna kommer att vara högst.