Sökinsatserna utförs av besättningsmedlemmar från Ferragudo Lifeguard Station och medlemmar av Portimão Fire Department, med ett team av dykare, och på land av medlemmar av Portimão Maritime Police, liksom brandmän, med stöd av en drönare, säger National Maritime Authority i ett uttalande.
Mannen, som är 29 år och moçambikisk medborgare, ska ha hamnat i svårigheter när han åkte stand-up paddle boarding på floden Arade, i det muddrade området söder om fiskedockan.
"Enligt vad som var möjligt att fastställa försvann mannen i floden efter att ha hamnat i svårigheter när han återvände från en stand-up paddle boarding-aktivitet. Hans vän som var med honom och bar flytväst lyckades ta sig tillbaka till land på egen hand och slog larm", står det i meddelandet.