Né dans la région de Castille en Espagne, Jean est envoyé à l'âge de 14 ans à l'université de Salamanque pour y étudier le droit. Il s'installe ensuite à Alcala, où il étudie la philosophie et la théologie avant d'être ordonné prêtre diocésain.

Après la mort de ses parents, qui le laissent comme seul héritier d'une fortune considérable, Jean distribue son argent aux pauvres. En 1527, il se rend à Séville dans l'espoir de devenir missionnaire au Mexique. L'archevêque de cette ville le persuade de rester pour répandre la foi en Andalousie (sud-ouest de l'Espagne). Au cours des neuf années qu'il a passées dans cette région, il s'est forgé une réputation de prédicateur engagé, de directeur spirituel perspicace et de confesseur avisé.

Il a ensuite travaillé à Cordoue, puis à Grenade, où il a organisé l'université de Baeza, le premier de plusieurs collèges dirigés par des prêtres diocésains qui se consacraient à l'enseignement et à l'accompagnement spirituel des jeunes.

Il était ami avec les saints François Borgia, Ignace de Loyola, Jean de Dieu, Jean de la Croix, Pierre d'Alcantara et Thérèse d'Avila.

Il a été béatifié en 1894, canonisé en 1970 et déclaré docteur de l'Église le 7 octobre 2012.