Nacido en la región castellana de España, Juan fue enviado a los 14 años a la Universidad de Salamanca para estudiar Derecho. Más tarde se trasladó a Alcalá, donde estudió filosofía y teología antes de ordenarse sacerdote diocesano.

Tras la muerte de sus padres, que le dejaron como único heredero de una considerable fortuna, Juan repartió su dinero entre los pobres. En 1527 viajó a Sevilla, con la esperanza de convertirse en misionero en México. El arzobispo de esa ciudad le convenció para que se quedara y difundiera la fe en Andalucía (suroeste de España). Durante nueve años de trabajo allí, se labró una reputación de predicador atractivo, director espiritual perspicaz y confesor sabio.

Más tarde trabajó en Córdoba y luego en Granada, donde organizó la Universidad de Baeza, el primero de varios colegios dirigidos por sacerdotes diocesanos que se dedicaban a la enseñanza y a la dirección espiritual de jóvenes.

Fue amigo de los santos Francisco de Borja, Ignacio de Loyola, Juan de Dios, Juan de la Cruz, Pedro de Alcántara y Teresa de Ávila.

Fue beatificado en 1894, canonizado en 1970 y declarado doctor de la Iglesia el 7 de octubre de 2012.