En källa från Alentejo Litoral Subregional Emergency and Civil Protection Command förklarade för byrån Lusa att operationen "återupptogs tidigt på morgonen, runt 07:30".
För närvarande är sex operatörer inblandade, med stöd av ett landfordon från sjöpolisen, en livbåt och en jetski från Instituto de Socorro a Náufragos (ISN), sade han.
I lördags var fiskaren ute och fiskade under vattnet, men vid 22-tiden larmades myndigheterna om hans försvinnande.
Dagen därpå avbröts också sökningarna i slutet av dagen utan framgång, med hjälp av tre kriminaltekniska dykare, ISN:s resurser och sjöpolisen, som fick hjälp av en vattenskoter, två båtar, två landfordon samt ett flygvapen från flygvapnet.
Befälhavaren för sjöpolisen i Sines, Luís Filipe Duarte, sade till Lusa att sökningarna skulle fortsätta i dag på land och till sjöss.