I ett uttalande förklarade marinen att det är "en konventionell ubåt som kan förbli nedsänkt under långa perioder och avfyra missiler som kan träffa fartyg eller mål på land".
Ubåten seglade tillsammans med "högsjöbogseraren Evegeny Churov".
Fartygen började segla längs kontinentens exklusiva ekonomiska zon (EEZ) på fredagen den 6 september och avslutade på söndagsmorgonen, "på väg mot Medelhavet".
NRP Setúbal deltog i operationen och "följde med Ryska federationens fartyg".
I noten, som skickades till nyhetsredaktioner, betonade marinen att "genom dessa kontroll- och övervakningsåtgärder garanterar den försvaret och säkerheten i havsområden under nationell suveränitet, jurisdiktion eller ansvar, bidrar till skyddet av Portugals intressen och dess kritiska infrastrukturer", och säkerställer också "efterlevnad av de internationella åtaganden som antagits inom ramen för Atlantpakten".