Källan från Alentejo Litoral Sub-Regional Emergency and Civil Protection Command berättade för Lusa-byrån att branden, för vilken en varning gavs kl 11:26, nådde Pinewells företagets fabrik belägen i Cercal do Alentejo.
De två skadade, med brännskador, är företagsarbetare, sade samma källa.
Enligt räddningstjänsten fick en av männen, 24 år, allvarliga skador och transporterades i en helikopter från National Institute of Medical Emergency (INEM) till Santa Maria Hospital i Lissabon.
Den andra, 27 år, med skador som anses vara mindre, togs av brandmän till akutmottagningen på Hospital do Litoral Alentejano, i Santiago do Cacém.
Branden, enligt källan från Alentejo Litoral Sub-Regional Emergency and Civil Protection Command, gick in i efterfasen kl. 13.48 och brandområdet har övervakats av brandmän sedan kl. 14.42.
Kampen mot lågorna mobiliserade företag från Cercal do Alentejo, Vila Nova de Milfontes, Santiago do Cacém och Alvalade do Sado, INEM och GNR, med totalt 33 operatörer, med stöd av 15 fordon och en helikopter.
Bland de fordon som deltog i räddningsarbetet finns en ambulans för omedelbar livsuppehållande vård (SIV) och ett medicinskt fordon för akutvård och återupplivning (VMER).
Pinewells är ett företag inom Visabeira-koncernen som tillverkar "pellets", ett organiskt bränsle från trä.