Informationen offentliggjordes i ett inlägg på järnvägsoperatörens Facebook-sida.
Infraestruturas de Portugal(IP) berättade också för Lusa att tjänsten avbröts på grund av "intrång av två personer på järnvägsdäcket" och bekräftade under tiden återupptagandet av cirkulationen.
En källa från Lissabon Metropolitan Command of the PSP berättade för Lusa att en varning gavs av IP, kl 9:50, om närvaron av två personer på järnvägslinjen.
Men enligt samma källa "var det inte möjligt att fånga upp eller identifiera dem, eftersom de klättrade ner för en pelare" och flydde.
Fertagus driver förortsjärnvägen för passagerartrafik mellan Roma-Areeiro-stationen i Lissabon och Setúbal-stationen, en sträcka på 54 kilometer, över 25 de Abril-bron.
Infraestruturas de Portugal förvaltar de nationella väg- och järnvägsnäten, inklusive ledning och kontroll av järnvägstrafiken.