里斯本现在有两个月的时间对通知函中提出的问题做出充分回应，如果不能做出回应，欧盟委员会可能会决定提出合理意见。

据布鲁塞尔方面称，葡萄牙尚未建立一个系统来监测其管辖水域内普通海豚（Delphinus delphis）、瓶鼻海豚（Tursiops truncatus）和河豚（Phocoena phocoena）等受保护物种的意外捕获和死亡情况，而这些物种都是受《生境指令》严格保护的物种。

共同体行政部门还认为，葡萄牙没有采取必要措施，避免在为保护后两个物种而指定的几个 "自然2000"保护地对它们造成重大干扰。