לליסבון יש כעת חודשיים להגיב כראוי לנושאים שהועלו במכתב ההודעה, ואם זה לא יקרה, הנציבות עשויה להחליט לשלוח חוות דעת מנומקת.

על פי בריסל, פורטוגל לא הקימה מערכת לניטור לכידה ומוות בשוגג של מינים מוגנים כמו הדולפין המצוי (Delphinus delphis), דולפין הבקבוק (Tursiops truncatus) ודולפין הנהר (Phocoena phocoena) במים הנמצאים תחת שיפוטו, מינים מוגנים בקפדנות על פי הוראת בתי הגידול.

מנהלת הקהילה סבורה גם כי פורטוגל לא נקטה בצעדים הדרושים כדי למנוע הפרעות משמעותיות של שני המינים האחרונים במספר אתרי Natura 2000 המיועדים להגנתם.