Myntet med en diameter på 36 millimeter och en vikt på cirka 35 gram, som kallas "Português", hade värderats till mellan 20 000 och 30 000 pund av auktionsfirman Noonans i London.
Enligt auktionsfirman väckte partiet intresse från budgivare i USA och Kanada, men köptes av en köpare i Japan.
Trots det goda tillståndet påpekade experter som ett problem ett märke som tros ha gjorts genom stansning för att intyga att det var tillverkat av rent guld och vars hålighet påverkar myntets båda sidor.
Den "Português" präglades först av kung Manuel I, känd som O Venturoso på grund av den impuls han gav till sjöutforskningar, och fortsatte att ges ut i 40 år, mellan 1498 och 1538, under João III:s regeringstid.
Myntet tillverkades i Lissabon med guld som Vasco de Gama hade hittat på sina resor till Afrika och Indien.
Oavsiktligt fynd
Exemplaret upptäcktes av en slump i juli av Mick Edwards, en 62-årig statstjänsteman, med en metalldetektor som han använder för att leta efter begravda föremål.
"Jag blev helt förbluffad och satt och tittade på myntet utan att kunna andas. Jag kunde se korset på myntet och trodde att det förmodligen var spanskt, men senare fick jag reda på att det var portugisiskt", sade han, citerad i ett uttalande från auktionsfirman.
Upptäckten skedde före frukost, klockan 06.00, i Etchilhampton, cirka 150 kilometer väster om London, nära staden Bath, där Edwards firade sin 35:e bröllopsdag.
Enligt auktionsförrättaren tillhörde marken familjen Ernle mellan 1489 och 1928, en aristokratisk familj där John Ernle (1620-1697) sticker ut, som var deputerad och finansminister.
Familjens status återspeglades av att drottning Anne besökte familjens hem, Whetham House, 16 kilometer från den plats där myntet hittades 1703.