I vissa fall finns det förseningar i familjeåterföreningen - där eleverna redan går i obligatorisk skola i Portugal men processen ännu inte har slutförts - förseningar i att intyga handlingar och andra situationer, såsom att ta itu med problem eller handlingar som skall slutföras.
Herman Aguiar är ett av dessa fall. Den unge angolanen avslutade sin gymnasieutbildning i Portugal och eftersom han bodde i ett studentboende ansågs adressen inte vara permanent av universitetet och han var tvungen att komma in som internationell student.
"Jag gjorde nationella prov men ingick i kvoten för utländska studenter och jag betalar hela terminsavgiften", säger studenten i social kommunikation i Lissabon, som får hjälp av sina föräldrar i Angola att betala terminsavgiften.
"Det är mycket svårt, men min familj anstränger sig för att få ett barn med europeisk utbildning", sade han till Lusa.
Värdet av internationella studieavgifter varierar mellan tre tusen och sju tusen euro per år, ett belopp som var oöverkomligt för Pamela Stoffel, en 19-årig brasiliansk tjej som har varit i Portugal sedan åttonde klass.
"Jag hade fyra tidigare uppehållstillstånd" och "jag hade inte kontinuerlig laglig tid" för att betraktas som en nationell student, två år.
"Beloppet är omöjligt för mig att ha råd med" och "Jag var tvungen att vänta ytterligare ett år" för att uppfylla kraven för att ansöka till kursen för juridiska tjänster vid Polytechnic Institute of Leiria.
"Inget av detta är vettigt. Jag har varit här sedan åttonde klass, jag har en portugisisk bakgrund och portugisiska vänner, och jag bor i Portugal. Och jag betraktas som en internationell student?" - frågade hon.
Geraldo Oliveira, chef för föreningen Global Diáspora, har ägnat sig åt att stödja invandrare, med särskild tonvikt på internationella studentutbyten.
Han påpekade att utbildningsinstitutionerna ofta väljer att villkora studenternas tillträde i enlighet med lagdekretet av den 10 mars 2014, som reglerar statusen för internationella studenter, och som "är föråldrat".
"När det gäller tillgången till högre utbildning är det största hindret idag kravet på två års laglig vistelse under det år då studenten påbörjar sin högre utbildning", förklarade han.
Det finns också fall av processer för föräldrars uppehållstillstånd som tog fyra år att slutföra och "det har ännu inte varit möjligt att omgruppera barnen", som studerar i portugisiska skolor.
"Jag följer barn till lagliga invandrare som inte har lyckats återförenas" och "Jag har fall av studenter som har studerat i Portugal i flera år", men som inte är integrerade i en familj, så de har aldrig lyckats regularisera.
Även i fall där ungdomar bara har ett studentvisum - för gymnasieutbildning - garanterar detta inte tillgång till högre utbildning som en nationell kandidat - och "är föremål för 697 € studieavgift".
Kostnaden för studieavgifter håller många av dessa ungdomar borta från högre utbildning: "även om de har bra betyg på nationella prov hamnar dessa elever på efterkälken".
Dessa ungdomar informeras om att de endast kan tävla som internationella studenter vid registreringen, där de har en tidsfrist för att uppvisa en adress och dokument som styrker deras legalisering.
"Nästan alla vet när de ska registrera sig. De har redan fått sina betyg, de har redan anmält sig och det är under registreringen som de konfronteras med en situation som de inte hade förutsett", sade han.
"Det måste finnas information och särskild uppmärksamhet från samhället", varnade ledaren.
"Om vi inte varnar dessa studenter och de som är ansvariga för deras utbildning, riskerar vi att bilda en underkvalificerad arbetskraft" eftersom de då inte kommer att kunna fortsätta sina studier på grund av kostnaden för studieavgifterna, tillade Geraldo Oliveira.
"Det finns universitet som underlättar tidsfristerna och andra som inte gör det. Det måste finnas en enda regel för dessa fall", betonade han och hävdade att tillträdesvillkoren bör omfatta "inte den lagliga vistelsens längd, utan den tid som tillbringats i en portugisisk skola".