Als er ein kleiner Junge war, verschwand er aus seiner Heimat. Wie es dazu kam, ist nicht bekannt. Seine Mutter starb bald nach seinem Verschwinden und sein Vater schloss sich den Franziskanern an. Johannes fand sich in Toledo, Spanien, wieder und wurde von Francisco Mayoral aufgenommen, der ihn als Hirten anstellte. Als er seine 20 erreichte, entdeckte er, dass Mayoral wollte, dass er seine Tochter heiratete, also trat er der spanischen Armee bei.

Irgendwann fand er sich in der Nähe von Portugal wieder, wo er einen Onkel ausfindig machte, der ihm von seinen Eltern erzählte. Als er erkannte, dass er keine Verbindungen zu Portugal hatte, ging er zurück nach Spanien.



Er wanderte durch verschiedene Länder und soll eine Vision des Jesuskindes gehabt haben, die ihn nach Granada führte. Dort fand er Arbeit an einer neuen Druckmaschine.

Am Sebastiansfest erlebte er eine religiöse Bekehrung. Er fing an, sich öffentlich zu demütigen, indem er schlug und um Gnade für sein früheres Leben flehte. Er wurde in eine Nervenheilanstalt gebracht und dort von Johannes von Avila besucht, der ihm sagte, er solle sich um andere kümmern.

Er sammelte eine Gefolgschaft, die sich um die Armen und Kranken kümmerte, die heute als The Brothers Hospitallers of St John of God anerkannt sind.

Er starb an seinem Geburtstag an einer Lungenentzündung, nachdem er in einen Fluss gesprungen war, um einen jungen Mann zu retten. Sein Festtag wird am 8. März gefeiert und er gilt als eine der führenden religiösen Persönlichkeiten auf der iberischen Halbinsel. Er ist der Schutzpatron der Buchhändler, Krankenhäuser, Krankenschwestern, Geisteskranken und Sterbenden.