Dix ans plus tard, il a été envoyé comme missionnaire en Extrême-Orient. Il se rendit du Mexique aux Philippines, puis au nord du Viêt Nam. Il devient évêque de Phunhay, au Viêt Nam, en 1803. En 1831, l'empereur vietnamien interdit officiellement le catholicisme et persécute sévèrement l'Église.


Des villages entiers sont envoyés en exil, des prêtres sont arrêtés et soumis aux plus terribles tortures avant d'être tués. Ceux qui aident à les capturer sont richement récompensés. L'évêque Henares a été arrêté et décapité à Nam Dinh le 25 juin 1838 ; les soldats et les villageois qui ont participé à son arrestation ont été généreusement indemnisés.


Saint Dominique Henares est l'un des 130 000 à 300 000 catholiques martyrisés pour la foi au Viêt Nam entre le XVe et le XXe siècle. Ils ont été canonisés ensemble par le pape Jean-Paul II en 1988. La fête de saint Dominique Henares est le 25 juin, et la commémoration collective des 117 martyrs vietnamiens a lieu le 24 novembre.