Tien jaar later werd hij als missionaris naar het Verre Oosten gestuurd. Hij ging van Mexico naar de Filippijnen en uiteindelijk naar Noord-Vietnam. In 1803 werd hij bisschop van Phunhay, Vietnam. In 1831 verbood de Vietnamese keizer officieel het katholicisme en vervolgde hij de kerk ernstig.

Hele dorpen werden verbannen; priesters werden gearresteerd en onderworpen aan de meest verschrikkelijke martelingen voordat ze werden vermoord. Degenen die hielpen hen gevangen te nemen werden rijkelijk beloond. Bisschop Henares werd gearresteerd en onthoofd in Nam Dinh op 25 juni 1838; de soldaten en dorpelingen die meewerkten aan zijn arrestatie ontvingen een royale compensatie.

Dominicus Henares is één van de naar schatting 130.000 tot 300.000 katholieken die tussen de 15e en 20e eeuw in Vietnam gemarteld werden voor het geloof. Ze werden samen heilig verklaard door paus Johannes Paulus II in 1988. De feestdag van de heilige Dominicus Henares is 25 juni en de gezamenlijke herdenking voor 117 Vietnamese martelaren is 24 november.