De luchtvaartmaatschappij waarschuwde dat de werk-aan-regel actie voor onbepaalde tijd een "cumulatieve en negatieve impact" zal hebben op klanten, wat mogelijk zal leiden tot last-minute geannuleerde vluchten.
In een verklaring zei Aer Lingus: "Om zoveel mogelijk diensten te beschermen tegen de gevolgen van de staking, moeten we tussen 10% en 20% van onze vluchten annuleren tijdens de eerste vijf dagen - woensdag 26 tot en met zondag 30 juni.
"Deze annuleringen zullen de komende twee dagen worden doorgevoerd. Deze stap is noodzakelijk om zoveel mogelijk diensten voor onze klanten te waarborgen."
Daarnaast kondigde Aer Lingus verschillende opties aan voor klanten die getroffen worden door de stakingsactie van de Irish Air Line Pilots' Association.
Klanten kunnen hun vlucht gratis omboeken, annuleren en een terugbetaling of tegoedbon aanvragen.
Aer Lingus benadrukte dat de vakbondsactie samenvalt met het hoogseizoen voor gezinnen.
De luchtvaartmaatschappij verklaarde: "We zullen er alles aan doen om de gevolgen voor de klanten tot een minimum te beperken. Verstoringen zijn echter onvermijdelijk als gevolg van deze vakbondsactie. We zullen eventuele wijzigingen, vertragingen of annuleringen zo snel mogelijk aan de getroffen klanten communiceren.
"In het geval van annuleringen zullen we proberen om klanten snel te herplaatsen en zullen we samenwerken met partner luchtvaartmaatschappijen en extra vliegtuigen huren indien nodig."