Varningssituationen, som är den lägsta nivån för katastrofinsatser enligt grundlagen för räddningstjänst, upphörde på fredagen.
"Ministerrådet godkände i dag att beredskapssituationen på Portugals fastland förklarades vara avslutad den 5 maj och införde ändringar i den uppsättning regler som gäller för att förebygga och bekämpa pandemin", sade Mariana Vieira da Silva.
Bland de åtgärder som tillkännagavs i dag finns slutet på den obligatoriska användningen av mask, med undantag för platser som besöks av "särskilt utsatta personer".