En 1794 se casó con William Seton, con quien tuvo cinco hijos. Durante su viaje a Livorno, Italia, en 1803, William murió. Los amigos católicos mostraron tanta amabilidad con ella que se interesó por su fe. En 1805, a pesar de la fuerte oposición de sus amigos episcopales, se hizo católica. Tres años más tarde, abrió una escuela en Baltimore.
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Al año siguiente, fundó en Emmitsburg, Maryland, la primera casa de lo que más tarde se convertiría en la Congregación de las Hermanas de la Caridad de San José. Fue elegida primera superiora de la orden, cargo que ocupó hasta su muerte en 1821. Las Hermanas de la Caridad, cuya regla se inspiró en la de las Hijas de la Caridad de San Vicente de Paúl, sentaron las bases del sistema de escuelas parroquiales en América.