Cláudio Coimbra, 22 ans, et Vadym Hrynko, 21 ans, resteront détenus à la prison de Tomar.
Le juge Carlos Alexandre a justifié la détention préventive pour des raisons de danger de perturbation de l'enquête et de l'ordre public, ainsi que de danger de poursuite de l'activité criminelle.
Les deux marins sont accusés du crime d'homicide qualifié et de trois crimes d'atteinte qualifiée à l'intégrité physique.
Selon une source de la Police Judiciaire (PJ), les deux marines ont été détenus lundi soir - avec un troisième suspect, un civil, qui a depuis été libéré par le Ministère Public (MP).
L'agent Fábio Guerra, 26 ans, est décédé lundi matin à l'hôpital de São José, à Lisbonne, des suites de "graves lésions cérébrales" subies lors de l'agression dont il a été victime devant la boîte de nuit Mome.